Abgesehen von den vielen Vorteilen birgt das Betreiben einer Biogasanlage auch ein paar nachteilige Aspekte in sich, gerade was die Kosten und Handhabung betrifft.
Hohe Investitionskosten für eine wirtschaftliche und technologisch hochwertige Biogasanlage sind wohl der größte Nachteil. Sie können bis zu 5000 Euro je Kilowatt Leistung betragen, was aber der Ausnahme entspricht.
Der Bau einer Anlage ist mit einigen Schwierigkeiten, z. B. bei der Genehmigung und den rechtlichen Grundlagen, verbunden.
Beim Betreiben einer Biogasanlage müssen eine Vielzahl von Sicherheitsbestimmungen eingehalten werden. Außerdem müssen kostspielige Überwachungseinheiten und Messgeräte installiert und bedient werden.
Die Technik einer Biogasanlage wird immer komplexer und komplizierter und hat einen erhöhten Wartungsaufwand zur Folge, sowie zusätzliche Kosten. Viele technische Einrichtungen müssen in regelmäßigen Intervallen ersetzt werden, zum Beispiel der Motor des BHKW.
Der Fermentationsprozess ist ein komplexer biochemischer Vorgang. Es wird zwar alles daran gesetzt ihn genaustens zu kontrollieren und zu beherrschen, dies ist jedoch noch nicht gänzlich gewährleistet und birgt noch kleine Risiken in sich.
Bei verschiedenen Bauweisen einer Biogasanlage kann es je nach verwendetem Substrat zu einer Geruchsbelästigung führen. Diese Fehlentscheidung für die falsche Bauweise kann jedoch vermieden werden.
Es müssen genügend Felder zur Ausbringung des Substrates zur Verfügung stehen, da gerade bei der Verwendung von Kofermenten ein Überschuss an Dünger im Verhältnis zur Fläche entstehen kann.
Diese Nachteile resultieren meist aus ungenügender Planung bzw. nicht ausreichender Kenntnisse des Betreibers und könnten meistens vermieden werden.
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